一、重金屬堆積而中毒

蜂膠在生產過程中多少含有些鉛、砷等重金屬，雖然在制成蜂膠軟膠囊之前必須要經過的提純處理，但多數也只是將重金屬含量控制在國家標準以下，有些不良廠商生產的蜂膠軟膠囊甚至可能嚴重重金屬超標，因此蜂膠軟膠囊在沒有必要時最好不要長期服用，以免因重金屬在體內積少成多而導致重金屬中毒。

二、影響胃腸消化功能

蜂膠軟膠囊中含有大量的抗菌成分且有廣譜抗菌效果，例如其富含的黃酮類化合物對金黃色葡萄球菌、枯草桿菌、大腸桿菌等都有不同程度的抑制作用，但與此同時胃腸道中的乳桿菌、雙歧桿菌、革蘭氏陽性球菌等益生菌同樣會受到抑制，因此健康人群長期服用蜂膠軟膠囊可能給胃腸消化功能帶來負面影響。

三、破壞體內激素平衡

蜂膠軟膠囊中含有一定量的激素及類激素成分，例如黃酮類化合物與雌激素結構類似并具有雌激素樣活性，而保幼激素則能保持幼蟲的性狀和促進成蟲卵巢的發育，因此健康人群長期服用蜂膠軟膠囊可能導致體內激素失衡，尤其對孕婦(刺激子宮而引起宮縮)及嬰幼兒(影響正常的生長和發育)的危害最為明顯。

總結：蜂膠軟膠囊并不是完全沒有毒副作用，只是毒副作用相對較小且不明顯而已，因此對于有特殊需要的人群而言可長期服用，但健康人群若長期服用則反而可能對健康不利。